Hace algún tiempo pude utilizar un programa llamado DBDesigner4 con el cual podía diseñar una Base de Datos (BD) relacional y después aplicar el modelo directamente a MySQL, además se podía hacer ingeniería inversa a una BD existente para crear su modelo y recuerdo que también decía que se podía utilizar con otros gestores de BD pero con el que más lo utilicé para las tareas escolares fue con MySQL y funcionaba bien.
DBDesigner4 desapareció pero pasó a llamarse MySQL Workbench y tiene licencia GPL y se puede descargar en su versión 5.2.37.
Pero con el pequeño inconveniente que sólo está en paquetes DEB para Ubuntu 10.04 y 11.04 y no para la versión Oneiric 11.10, así que hay dos alternativas, descargar el fuente de la página y compilarlo como se indica en esta página: Install MySQL Workbench from Source, o utilizando un PPA :) creado por Oliver Berten e instalándolo con las siguientes instrucciones:
sudo apt-get update
sudo apt-get install mysql-workbench-gpl
Actualmente estoy utilizándola de nuevo y al parecer todo funciona a la perfección, así que si quieres una herramienta poderosa y funcional para modelar tus nuevos proyectos y administrar tu servidor MySQL no dudes en utilizar MySQL Workbench.
recomendar buscando una herramienta gratuita Valentina Studio. Creo que es mejor herramienta gratuita para Linux, Windows y Mac OX S. http://www.valentina-db.com/en/valentina-studio-overview
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